MAMEコンパラをつかってビルドできました。
neogeo.cppのBIOSをHumblebundleで入手できるUSとヨーロッパ版のBIOSのみにしてビルド、起動時に日本語BIOSがデフォルトであるバカ殿、雀神伝説、みなさんのおかげさまですのとこでエラーダイアログが出ましたが、おこられずに起動できました。デバッグモード起動だとコンソールにエラーメッセージがでるだけなのでストレスなく使えそうです。
FBAよりちょっとリッチだとおもわれるデバッガをつかって調べ物ができるようになりました。
その後、バカ殿、雀神伝説、みなさんのおかげさまですでエラーがでないようにソースをいじっていますがなんだかエラーになるのでひとまずエラーがでるやつで我慢です。